PRABI
Rhone-Alpes Bioinformatics Center

Analyse des données RNA-Seq sous l’environnement Galaxy, Lyon 2019

Sessions

20, 21, 22 novembre 2019, Lyon

Lieu : PRABI Campus de la Doua - Villeurbanne

Durée 2,5 journées - 17,5 heures

OBJECTIFS

 Connaître les caractéristiques des données de séquençage haut-débit obtenues dans le cadre de l’analyse du transcriptome (RNA-seq).
 Savoir planifier une expérience simple de type RNA-seq en fonction de ses objectifs scientifiques et des caractéristiques et contraintes expérimentales.
 Connaître les principales méthodes et outils d’analyse des données RNA-seq. Pouvoir les mettre en oeuvre dans un cas simple via un serveur web Galaxy.
 Pouvoir visualiser les résultats dans un navigateur de génome.

PROGRAMME

Théorie - Introduction générale, Méthodes de séquençage

• caractéristiques des jeux de données de séquences
• présentation générale des problématiques de calcul et de stockage de données NGS
• formats de fichiers
• analyse qualité
• base de données Short Read Archive

Pratique - Récupération des données, Analyse qualité

Théorie - Introduction à Galaxy

• Présentation de l’interface web de Galaxy
  • vue d’ensemble des outils d’analyse de données NGS disponibles sous Galaxy
  • introduction à la création et au partage de Workflows/ “Chainage de Tâches” sous Galaxy
• Présentation de l’instance Galaxy du PRABI - (support informatique des TD et guichet de services)

Théorie - RNA-seq : Objectifs, Plan d’expérience et Analyse de Données

• Transcriptomes procaryote, eucaryote

• Objectifs biologiques
  • annotation, mesure de l’expression (analyse différentielle), recherche des isoformes d’un gène et quantification, recherche de variants SNP...

• Acquisition expérimentale
  • Choix techniques expérimentaux en fonction des objectifs (longueurs des séquences, profondeur de séquençage, déplétion des ARN ribosomiques, séquençage orienté...)
     Importance du plan d’expérience

• Alignement des séquences sur un génome de référence
  • sans épissage (Bowtie), principe, format de fichiers
  • avec épissage (Tophat, STAR, HISAT2...)
  • analyse qualité des alignements
  • visualisation (navigateur UCSC, IGV)

• Quantification et Analyse différentielle
  • attribution des lectures aux gènes ou aux transcrits et quantification (htseq, cufflinks, stringtie, kallisto...)
  • notion de RPKM, TPM
  • notions de statistiques utiles pour les analyses de données de séquences haut-débit
  • analyse différentielle de l’expression des gènes (normalisation, DESeq2, tests multiples )

• Sans génome de référence : assemblage de novo de trancriptome
  • présentation de Trinity : assemblage de transcrits

Pratique - RNA-seq - Expression Différentielle

• pipeline hisat2 / stringtie
• pipeline hisat2 / htseq / DEseq2
• samtools, RSeqQC, IGV

Pratique - RNA-SEQ sans génome de référence

• Trinity, RSEM

MODALITES PRATIQUES

Public concerné
Biologistes (Chercheurs, ingénieurs, étudiants) ayant en projet ou en cours des expériences de RNA-seq

Pédagogie
Effectif maximum : 12 Personnes
Remise de support de cours
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.
Stage à 50% pratique
Chaque auditeur disposera d’un poste informatique individuel pendant la formation.

Intervenants
Mme C. Oger

Frais pédagogiques
1200 € HT
Auditeurs académiques 1050 € HT
Les repas sont pris en charge par Biosciences&Co

INFORMATIONS ET INSCRIPTIONS

Biosciences&Co / Dr Jean-François Prost jf.prost@biosciencesco.fr
Tél : +(33) 4 37 66 26 55 / P. 06 27 58 28 66
30, Rue Pré Gaudry, 69007 LYON
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