PRABI
Rhone-Alpes Bioinformatics Center

PRABI : Laboratoire de Biologie à Grande Echelle

Formation au logiciel R, Lyon 2019

Session

Du 8 au 10 octobre 2019 à Lyon
Lieu : salle de formation du PRABI - Campus Scientifique de la Doua - Villeurbanne

Durée : 3 journées - 21 heures

OBJECTIFS

 Acquérir les compétences nécessaires à l’utilisation du logiciel R
 Connaître les principales analyses statistiques nécessaires en biologie et les utiliser sous R
 Réaliser des graphiques sous R
 Connaitre les bibliothèques R utiles en Biologie

PROGRAMME

Eléments de base de R

• introduction
  
  • l’application, l’archive du CRAN et les sites miroirs,
    
  • les bibliothèques (packages)
    
  • lancement de l’application, sauvegardes, documentation
    
• objets, opérateurs et fonctions, valeurs manquantes
  
• Structure de données,
  
  • vecteurs, facteurs, listes, matrices, data.frame
    
• entrées/sorties de données,
  
• structures de controle
  
  • exécutions conditionnelles (if, else)
    
  • boucles (for, while)
    
  • les fonctions apply
    
• création d’une fonction
  
  • portée des variables
    

Introduction aux graphiques avec R

• visualiser les données, une étape essentielle de l’analyse exploratoire des données
  
• R, un outil flexible et puissant pour réaliser des graphiques
  
• fonctions graphiques principales et secondaires
  
  • graphiques appropriés aux variables quantitatives, qualitatives, croisées,
    
  • ajouter des éléments à un graphique,
    
• options des graphiques et paramètres
  
• dispositifs graphiques et formats de sortie des graphiques
  

Statistiques de base sous R

• statistiques descriptives
  
  • moyenne, médiane, variance, écart-type, quantiles
    
  • covariance, corrélation
    
• test d’hypothèses
  
  • principe, risques, hypothèse nulle et hypothèse alternative,règle de décision, p-value
    
  • choix d’un test statistique (paramétrique, non paramétrique, tables de contingence
    
• ANOVA à 1 et 2 facteurs
  
• régression linéaire ; graphiques diagnostiques de la régression
  
• l’objet modèle linéaire dans R
  

Introduction à quelques bibliothèques R utiles en biologie/bioinformatique

• Bioconductor,
  
• exemples d’utilisation de seqinR, ade4, ape,
  
• classification non supervisée (hclust, kmeans, som)
  

MODALITES PRATIQUES

Public concerné

Personnels scientifiques, techniques, chercheurs, ingénieurs, techniciens.

Pédagogie

Effectif maximum : 15 Personnes
50% de pratique
Chaque auditeur disposera d’un poste informatique individuel pendant la formation
Remise de supports de cours
Remise d’une attestation de suivi de la formation.

Intervenants

Mme C. Oger
M. G. Perrière

Frais pédagogiques

1200 € HT
Auditeurs académiques : 1000 € HT
Les repas sont pris en charge par Biosciences & Co.

INFORMATIONS ET INSCRIPTIONS

Dr Jean-François PROST / jf.prost@biosciencesco.fr
Tél/Fax : +(33) 4 37 66 26 55 / P. 06 27 58 28 66
Biosciences & Co – 30, rue Pré Gaudry – 69007 Lyon
Inscription en ligne