PRABI
Rhone-Alpes Bioinformatics Center


Formation ade4 - Perfectionnement : Méthodes avancées, Lyon

Session

Dates à venir

Lieu : salle de formation du PRABI, Université Claude Bernard Lyon 1, Campus Scientifique de la Doua, Villeurbanne

Durée : 2,5 journées - 18 heures

OBJECTIFS

- Introduction et utilisation des méthodes d’analyse multivariée sur des tableaux présentant une structuration en groupes d’individus.

- Présentation des méthodes d’analyse multivariée des relations entre deux tableaux. Utilisation et comparaison de plusieurs méthodes classiques de couplage.

- Analyse de données spatialisées : stockage, lecture et manipulation des données spatiales, cartographie et méthodes d’analyse multivariée de données spatialisées.

- Travail en commun, discussion et mise en oeuvre des méthodes d’analyse multivariées sur des données réelles, issues du packages ade4 ou provenant des participants.

PROGRAMME

- Analyses de tableaux avec des groupes d’individus : analyse discriminante et analyses inter-intra, tests de permutation.

- Introduction aux méthodes de couplage de deux tableaux : CCA, RDA, coinertie.

- Couplage de deux tableaux (suite) : analyse de coinertie, tests de permutation, analyse RLQ.

- Analyse de données spatialisées : structures de données, manipulations et graphiques, package spdep.

- Analyse de données spatialisées : autocorrélation, analyse multispati.

- Exemples d’utilisation de méthodes d’analyse multivariée avec ade4 dans R.

- Travail et discussion sur des jeux de données du package ade4 ou sur des jeux de données des participants.

MODALITES PRATIQUES

Public

Biologistes désirant s’initier aux méthodes avancées d’analyse multivariée disponibles dans le package ade4 pour R : analyses inter-intra, couplages de tableaux, RLQ, analyse de données spatiales. Les participants peuvent préparer un jeu de données personnel qui pourra être analysé en groupe (en fonction du déroulement du stage).

Pré-requis : connaissance des bases du logiciel R (éventuellement suivre la formation R du PRABI du 13 au 15 octobre 2015) et des bases du package ade4 pour R (éventuellement suivre la formation ade4-initiation du PRABI).

Pédagogie

Effectif maximum : 15 personnes
Remise de support de cours
Cours et TP sur machine, une personne par ordinateur.
Ordinateurs portables sous Linux prêtés par le PRABI pendant la durée du stage.
Si vous préférez apporter votre ordinateur, merci de le signaler à l’inscription. Connexion réseau WiFi possible (réseau "eduroam" disponible).

Intervenants

A.B. Dufour, S. Dray, J. Thioulouse

Contact :